哈尔滨工程大学计算机科学与技术专业是黑龙江省重点本科专业，其起点可以追溯到1960年组建的中国人民解放军军事工程学院(简称“哈军工”)海军工程系指挥仪与电子计算机科。这两个专业的课题组分别于1958和1964年研制成功了我国第一台军用电子计算机“901型鱼雷艇指挥仪”和我国最早一批采用国产晶体管的“441-B系列计算机”。1966年以这两个专业为基础组建了“哈军工”电子计算机系（六系）。1970年“哈军工”改建后，又以原“哈军工”计算机系的部分教师为基础组建了哈尔滨船舶工程学院（简称“哈船院”）的计算机专业，本专业是以承担重大科研项目为背景而起步的，研制成功的277乙机和海鹰－Ⅱ号导弹指挥仪均获了1978年全国科学大会奖，一度在国内处于较领先的地位。1975年成立了“哈船院”的计算机与信息科学系，先后设立计算机及应用专业和计算机软件专业。1982年，“哈船院”六系由计算机科学技术系更名为计算机与信息科学系。

2001年，哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院经学校批准成立。经过多年发展和建设，学院在学科建设、科学研究、人才培养等方面综合水平居于全国高校前列。1981年以来先后获批计算机应用、计算机软件与理论二级学科硕士学位授予权以及计算机应用技术二级学科博士学位授予权；2003年取得计算机科学与技术一级学科硕士学位授予权；2011年取得计算机科学与技术、软件工程两个一级学科博士学位授予权。计算机应用技术、计算机软件与理论两个学科获批黑龙江省重点学科。在2017年教育部第四轮学科评估中，计算机科学与技术一级学科被评为B+，位于全国前20%；软件工程一级学科被评为B，位于全国前30%。2019年，计算机科学进入全球前1%行列。

2008年，哈尔滨工程大学软件学院获黑龙江省教育厅正式批复组建。2021年软件学院获批国家级首批特色化示范性软件学院。学院充分发挥学校“船海”特色与优势学科方向，以大型船舶工业软件为切入点，以特色化软件人才培养为目标，以深度校企合作为软件人才质量提升的突破口，形成了“船舶领域导向、理论实践并举、校企深度合作、多维协同育人”的办学特色。为适应软件产业发展对人才的迫切需求，按照“办学层次化、运作企业化、管理专业化”的办学模式，坚持“高起点、国际化、面向产业、打造特色”的办学理念，产学研紧密结合，致力于培养具有国际竞争能力的高素质、工程型、复合型软件高级人才。学院拥有软件工程一级学科博士点，设有软件工程本科专业。人才培养方案以厚基础、重创新、体现国际化为特色。在夯实学生基础的同时，大力提高学生的实践创新能力，为用人单位输送本领域高层次卓越人才。

2010年，哈尔滨工程大学国家保密学院成立，为我国首家理工背景的保密专业学院。学院是根据国家保密事业科学发展的要求，适应新形势、新任务下对保密专业人才的迫切需要，由国家保密局依托哈尔滨工程大学计算机科学和信息安全学科专业平台，充分整合管理、法律、人文学科专业资源成立。保密学院设有“信息安全”本科专业，致力于培养懂法律、有技术、善管理的复合型保密专门人才。该专业2007年被确定为国防“十一五”特色紧缺专业。哈尔滨工程大学国家保密学院于2010年被授权作为国家保密教育培训基地哈尔滨分基地，开展相关保密教育培训工作。

学院拥有计算机科学与技术、信息安全、软件工程3个本科专业，全部通过教育部工程教育专业认证，计算机科学与技术已经三次通过认证；3个本科专业全部进入“国家级一流本科专业”建设行列，专业建设及育人水平得到业界广泛认可。

学院下设六个基层学术组织：计算机科学教学与研究中心、数据科学教学与研究中心、软件工程教学与研究中心、网络技术与信息安全教学与研究中心、计算机教育与实践创新中心、高性能计算研究中心。

学院历来重视科研工作，产生了一批以我国第一台舰载电子计算机“901型鱼雷艇指挥仪”和第一代采用国产晶体管的“441B系列计算机”为代表的一系列科研成果。近年来承担过国家863计划、国家科技支撑计划、国家自然科学基金、国防973计划等重大科技计划项目以及省、部、委科研项目和企事业委托或国际合作的研发项目500余项，科研成果获得各种奖励50余项，其中国家科技进步奖二等奖2项、三等奖1项，省部委自然科学奖和科技进步奖40余项。特别是“十三五”以来的三年，学院科研经费到款1亿多元，发表SCI检索的学术论文152篇、EI检索的学术论文415篇。获得国家授权发明专利100多项，部分成果被转化为产品，产生了较大社会效益和经济效益。

深耕于当年军工圣殿，服务于国家战略需求。计算机科学与技术学院全体师生将秉承传统，与时俱进，开拓创新，勇毅笃行，努力把计算机学院建设成为我国计算机领域高水平科学研究、高层次人才培养的重要基地。