哈尔滨工程大学计算机科学与技术专业是黑龙江省重点本科专业，其起点可以追溯到1960年组建的中国人民解放军军事工程学院(简称“哈军工”)海军工程系指挥仪与电子计算机科。这两个专业的课题组分别于1958和1964年研制成功了我国第一台军用电子计算机“901型鱼雷艇指挥仪”和我国最早一批采用国产晶体管的“441-B系列计算机”。1966年以这两个专业为基础组建了“哈军工”电子计算机系（六系）。1970年“哈军工”改建后，又以原“哈军工”计算机系的部分教师为基础组建了哈尔滨船舶工程学院（简称“哈船院”）的计算机专业，本专业是以承担重大科研项目为背景而起步的，研制成功的277乙机和海鹰－Ⅱ号导弹指挥仪均获了1978年全国科学大会奖，一度在国内处于较领先的地位。1975年成立了“哈船院”的计算机与信息科学系，先后设立计算机及应用专业和计算机软件专业。1982年，“哈船院”六系由计算机科学技术系更名为计算机与信息科学系。
2001年，哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院经学校批准成立。经过多年发展和建设，学院在学科专业建设方面综合水平居于全国高校前列。学院拥有计算机科学与技术和软件工程2个一级学科博士点，1个网络安全技术与工程目录外二级学科，1个电子信息领域工程硕士点和1个机械领域工程博士点；此外，学院拥有计算机科学与技术博士后科研流动站。在第四轮学科评估中，计算机科学与技术学科位列B+档，软件工程学科位列B档，2019年计算机科学进入全球前1%行列。计算机科学与技术、软件工程和和信息安全专业均通过工程教育认证，计算机科学与技术专业已经3次通过认证；计算机科学与技术、软件工程、信息安全专业为“国家级一流专业”，于2021年推荐申报国家级一流专业，学院三个本科专业全部进入“双万计划”专业建设行列。
2008年，哈尔滨工程大学软件学院获黑龙江省教育厅正式批复组建。2021年软件学院获批国家级首批特色化示范性软件学院。学院充分发挥学校“船海”特色与优势学科方向，以大型船舶工业软件为切入点，以特色化软件人才培养为目标，以深度校企合作为软件人才质量提升的突破口，形成了“船舶领域导向、理论实践并举、校企深度合作、多维协同育人”的办学特色。为适应软件产业发展对人才的迫切需求，按照“办学层次化、运作企业化、管理专业化”的办学模式，坚持“高起点、国际化、面向产业、打造特色”的办学理念，产学研紧密结合，致力于培养具有国际竞争能力的高素质、工程型、复合型软件高级人才。学院拥有软件工程一级学科博士点，设有软件工程本科专业。人才培养方案以厚基础、重创新、体现国际化为特色。在夯实学生基础的同时，大力提高学生的实践创新能力，为用人单位输送本领域高层次卓越人才。
2010年，哈尔滨工程大学国家保密学院成立，为我国首家理工背景的保密专业学院。学院是根据国家保密事业科学发展的要求，适应新形势、新任务下对保密专业人才的迫切需要，由国家保密局依托哈尔滨工程大学计算机科学和信息安全学科专业平台，充分整合管理、法律、人文学科专业资源成立。保密学院设有“信息安全”本科专业，致力于培养懂法律、有技术、善管理的复合型保密专门人才。哈尔滨工程大学国家保密学院于2010年被授权作为国家保密教育培训基地哈尔滨分基地，开展相关保密教育培训工作。
学院拥有计算机科学与技术、信息安全、软件工程3个本科专业，全部通过教育部工程教育专业认证，计算机科学与技术已经三次通过认证；3个本科专业全部进入“国家级一流本科专业”建设行列，专业建设及育人水平得到业界广泛认可。
学院下设六个基层学术组织：计算机科学教学与研究中心、数据科学教学与研究中心、软件工程教学与研究中心、网络技术与信息安全教学与研究中心、计算机教育与实践创新中心、高性能计算研究中心。
学院历来重视科研工作，产生了一批以我国第一台舰载电子计算机“901型鱼雷艇指挥仪”和第一代采用国产晶体管的“441B系列计算机”为代表的一系列科研成果。深耕于当年军工圣殿，服务于国家战略需求。计算机科学与技术学院全体师生将秉承传统，与时俱进，开拓创新，勇毅笃行，努力把计算机学院建设成为我国计算机领域高水平科学研究、高层次人才培养的重要基地。
学院瞄准“智能、数字、网络、自主、政务”等国家重大战略需求，在下一代互联网技术与安全、船舶工业软件、物联网与可信计算、社交网络与智能信息处理、大数据与知识工程等学科方向形成显著优势与特色，处于国际领先或先进水平。2016年以来，学院牵头承担科技部国家重点研发计划项目、国家自然科学基金重点项目、工信部重大工程项目等重大科技计划项目以及省、部、委和行业龙头企业委托项目共350余项，科研经费到款超过2亿元。发表学术论文1100余篇，其中SCI检索384篇、EI检索669篇。获得国家发明专利授权220项。出版学术著作和教材近40部。作为牵头单位与主要参研单位获得国家科技进步奖二等奖1项，省部级科技进步一等奖2项、中国测绘学会测绘科学技术一等奖1项。依托学院网络安全领域重大科研成果研制的软硬件一体化网络安全产品，市场销售规模超过1亿元，并创造了良好的社会效益。